狗狗怕打疫苗主要原因是因为注射疫苗对它们是一种不寻常的体验，会产生疼痛和不适感觉，而且疫苗中的成分以及注射的方式也会引起狗狗的恐惧和压力。此外，狗狗可能会对注射疫苗的地方产生疼痛、发红、肿胀等不舒服的感觉，导致它们对注射疫苗的过程产生畏惧和抵触。因此，为了让狗狗更好地接受打疫苗的过程，主人可以采取一些措施，如用食物或玩具等方式转移狗狗的注意力，让它们分心，减轻疼痛感，以及在注射前给予适当的训练和社会化训练，以提高它们的自信和适应性。